Историческая экспозиция охватывает период освоения Сибири и историю возникновения и развития города Томска. В экспозиции представлены предметы вооружения и быта русских переселенцев, макеты томских крепостей XVII века.

Заканчивается историческая экспозиция залом «Панорама города Томска начала ХХ века» - с высоты птичьего полета открывается весь город на карте форматом 2 х 4 м (автор панорамы – профессор ТГАСУ Ю.П.Нагорнов).