В настоящее время зоологический музей занимает несколько аудиторий первого этажа главного корпуса Томского госуниверситета. В музее имеется три выставочных зала, научное и костное хранилище, реставрационная мастерская.
Объемы коллекций, собранных в музее составляют около 120 тыс. экземпляров.