Богоявленский собор начали расписывать иконописцы, которых пригласили в Томск со всей Росии: они вернут храму его первоначальный вид. Роспись ведется по традициям 15-16 веков – этот стиль подходит собору больше всего, так как он был построен в начале 17 века.
Специалисты отмечают, что собор отличается аскетичностью – в росписи используются краски холодных тонов, лица на фресках серьезны. По словам иконописца Николая Шелюты, работы только начались, а закончить работу специалисты планируют к лету 2010 года.