Строительство Томского Императорского университета стало переломным моментом для Томска: город стал кардинально меняться как внешне, так и содержательно. С его открытием возросло влияние интеллигенции в жизни города, и довольно быстро он стал столицей культурной, научной и инженерной мысли в Сибири. А сейчас, спустя больше чем 140 лет, по праву считается одним из главных интеллектуальных центров страны.
Долгое время высшее образование в России было доступно лишь мужчинам. Точно так же и в первом в Сибири университете с момента открытия не было студенток-девушек. Но томская интеллигенция не готова была с этим мириться: в начале XX века несколько профессоров Томского Императорского университета и Томского технологического института инициировали создание женских курсов. Среди них были действующий ректор Императорского университета Василий Сапожников и будущий — Витт Саввин, ученый Григорий Потанин, физик Борис Вейнберг, ректор ТТИ Ефим Зубашев… Министерство народного просвещения идею одобрило, заявив, что готово предоставить выпускницам права окончивших высшее учебное заведение. Но финансовых обязательств на себя не приняло.
В 1909 году было организовано Общество для доставления средств Сибирским высшим женским курсам, его возглавила жена тогдашнего томского губернатора Маргарита Гондатти. Для сбора денег устраивались благотворительные лекции, вечера, базары и др. Как только необходимая сумма скопилась, объявили набор слушательниц. Сибирские высшие женские курсы были открыты в Томске 26 октября (8 ноября) 1910 года, в день годовщины присоединения Сибири к России. На единственное — естественное — отделение поступило 80 слушательниц. Срок обучения был определен в четыре года, шло оно по программам университета и технологического института и, как отмечали все причастные, «велось на самом высоком уровне».
Профессор зоологии и сравнительной анатомии и ректор Томского университета Николай Кащенко отмечал: «Прилежание слушательниц не оставляло желать ничего лучшего […]. Создалась особая атмосфера. Вступая на женские курсы, чувствуешь, что никаких посторонних задач здесь нет ни у преподавателей, ни у слушательниц. Есть только одна объединяющая тех и других забота: дать и получить знание».
В 1911 году при курсах было создано физико-математическое отделение, как раз тогда Василий Сапожников на некоторое время стал директором Сибирского женского университета (как его называли). Сам он читал там курсы ботаники, систематики споровых и вел практические занятия, кроме того, участвовал в работе Общества любительниц естествознания, организованном при курсах, где выступил с докладом «О Русском Алтае».
В 1913 году правительство официально разрешило прием на медицинский факультет Томского университета «сибирячек православного вероисповедания», через два года — на юридический. В 1913 году в университете состоялась первая в истории Томска защита докторской диссертации, подготовленной женщиной, Зинаидой Николаевной Несмеловой. Выпускница Петербургского женского медицинского института, она три года проучилась в Томске в ординатуре профессора М.Г. Курлова, в то же время практиковала и как лечащий врач по внутренним и детским болезням. Ну а два года спустя Министерство просвещения допустило первых 29 выпускниц к испытаниям в государственной экзаменационной комиссии. После этого несколько женщин были приняты в качестве ассистентов на кафедры университета.
В следующие годы Сибирские женские курсы окончили немало известных впоследствии женщин, например, Вера Кудрявцева — доктор физико-математических наук, профессор, проректор ТГУ; Лидия Сергиевская — доктор биологических наук, заведующая Гербарием ТГУ, почетный профессор ТГУ; Евстолия Аравийская — профессор, декан ММФ ТГУ (проработала в ТГУ 55 лет); Мария Орлова — профессор, заведующая кафедрой аналитической химии ТГУ.
В 1920 году женщинам было разрешено поступать в университеты наравне с мужчинами. И курсы были закрыты. Всего за десять лет существования «третьего томского университета» в него было принято 1 426 слушательниц, состоялось шесть выпусков.
