Строительство Томского Императорского университета стало переломным моментом для Томска: город стал кардинально меняться как внешне, так и содержательно. С его открытием возросло влияние интеллигенции в жизни города, и довольно быстро он стал столицей культурной, научной и инженерной мысли в Сибири. А сейчас, спустя больше чем 140 лет, по праву считается одним из главных интеллектуальных центров страны.
Уже с начала 1880-х в Томск стали поступать целые коллекции для будущих университетских музеев и кабинетов, в том числе крупные археологические, этнографические и нумизматические собрания от благотворителей и меценатов. В 1882 году Василием Флоринским был основан Музей археологии, истории, этнографии и нумизматики. Он писал: «Этот музей имеет особенную важность. По отделу древностей Сибирь более чем какая-либо другая страна обладает, можно сказать, бесчисленным и совершенно не разработанным археологическим материалом».
Причем днем основания музея Василий Маркович выбрал 6 декабря 1882 г. – день 300-летия присоединения Сибири к России. На протяжении нескольких лет он был его хранителем, лично занимался пополнением фондов нового музея сибирскими древностями и произведениями местных мастеров. К этому событию красноярский купец М.К. Сидоров подарил университету археологическую коллекцию из 600 древностей, собранных при раскопках древнего городища и курганов под Тобольском. А, например, сибирский золотопромышленник и меценат И.П. Кузнецов передал коллекцию металлических предметов, собранных в Минусинском и Ачинском округах Енисейской губернии — кинжалы, зеркала, серпы, разные типы наконечников стрел, ножи, стремена, подвески… Иннокентий Петрович передал музею и коллекцию предметов американских индейцев, и комплекс шаманских атрибутов.
После отъезда Флоринского из Томска (сентябрь 1898) фонды музея существенно не пополнялись вплоть до советского периода отечественной истории. На этом этапе традиция меценатства в комплектовании фондов музея уступила место новой тенденции – пополнению музейного собрания за счет экспедиционных исследований археологов, этнографов и антропологов университета. Например, университетские ученые были первооткрывателями и исследователями знаменитого Томского могильника, обнаруженного в апреле 1887 года.
Когда университет получил в дар от генерал-губернатора Степного края Г.А. Колпаковского коллекцию шкурок и чучел млекопитающих и птиц Семиреченской области, то она вместе с другой коллекцией — беспозвоночных Северного Ледовитого океана, приобретенной сибирским меценатом А.М. Сибиряковым у шведского исследователя Арктики Нильса Норденшельда, составила основу зоологического музея. Основой Ботанического музея стала коллекция, собранная экспедицией шведского исследователя Арктики Н.-А.Э. Норденшельда в полярных областях Сибири и Америки и выкупленная сибирским золотопромышленником А.М. Сибиряковым.
Использовали музеи как студенты с профессорами в учебно-научных целях, так и простые жители (с некоторыми оговорками). А так как в Томске, кроме Педагогического музея и Музея прикладных знаний, долго не было музейных хранилищ, университетские музеи были одной из главных достопримечательностей.
