Строительство Томского Императорского университета стало переломным моментом для Томска: город стал кардинально меняться как внешне, так и содержательно. С его открытием возросло влияние интеллигенции в жизни города, и довольно быстро он стал столицей культурной, научной и инженерной мысли в Сибири. А сейчас, спустя больше чем 140 лет, по праву считается одним из главных интеллектуальных центров страны.
По Общему уставу императорских российских университетов 1884 г. университет считался полным, когда в его составе были четыре факультета — историко-филологический, физико-математический, юридический и медицинский. И 16 (28) мая 1878 г. император Александр II подписал указ об открытии в Томске Сибирского университета именно в составе четырех факультетов. Но десять лет спустя заработал лишь один — медицинский. Этому был ряд субъективных и объективных причин, например, устроители университета столкнулись с серьезной проблемой при наборе достаточного числа студентов и слушателей для обучения. Приоритет отдали именно медицинскому факультету: врачи в то время были более необходимы для населения Сибири.
Но, кстати, несмотря на отсутствие в составе университета историко-филологического факультета, еще задолго до его открытия крупнейшие сибирские купцы и меценаты А.М. Сибиряков, Л.П. Кузнецов и Н.А. Белоголовый пожертвовали средства для присуждения премий за сочинения по истории, антропологии и социологии Сибири и за сочинения, относящиеся к ее природе. Капиталы в общей сложности составили 52 300 рублей, эти премии ежегодно присуждались университетским (например, профессору богословия Д.Н. Беликову) и иным исследователям.
Борьба за «недостающие» факультеты шла почти беспрерывно следующие десятилетия. Так, Василий Флоринский писал:
«В медицинской академии они (студенты) ничего не изучают, кроме бездушной материи, ничего не видят, кроме человеческих страданий. Будучи сам воспитанником, а потом и профессором академии, я видел ясно крайнюю односторонность академического образования, узкую специализацию нередко без должного общего гуманитарного развития, что не могло не отражаться на научном уровне наших врачей и даже на направлении самых научных работ».
Одним из выступлений, повлиявших на решение Государственной думы, был доклад В.Н. Пепеляева, выпускника томского юрфака, депутата IV созыва Госдумы, члена думской комиссии по народному образованию. В 1914 году он довольно жестко осудил медлительность Министерства народного просвещения. Существующие при Томском университете два факультета — медицинский и юридический — Виктор Николаевич называл не иначе как «медицинская школа и юридический лицей», указывая тем самым на неполноту классического университетского образования в Томске. Через несколько месяцев после этого заседания Министерство все же согласилось с открытием при Томском университете историко-филологического факультета. Оно намечалось на 1 июля 1915 года, однако начавшаяся в августе 1914-го мировая война так и оставила вопрос нерешенным. Лишь Временному правительству в 1917 году удалось расширить Томский университет и открыть в нем два недостающих факультета: историко-филологический и физико-математический.
Историки, филологи, а также юристы, экономисты и другие университетские ученые в январе 1919 года объединили свои усилия, создав Институт исследования Сибири. Летом того же года были организованы первые экспедиции, так, профессор А.Д. Григорьев изучал русские старожильческие говоры Сибири, профессор Б.П. Денике был командирован в Тобольскую губернию для изучения памятников старинного деревянного зодчества. Под руководством профессора С.И. Руденко велась работа над составлением карты племенного состава населения Сибири. В разгар Гражданской войны профессор Э.В. Диль был направлен в Екатеринбург для изучения и изъятия документов, связанных с расстрелом Николая II и его семьи.
Установившаяся в Томске советская власть реорганизовала гуманитарное образование по примеру всей Советской России — оно было выведено на открытый в 1920 году факультет общественных наук. С его закрытием в 1922 году подготовка гуманитариев (историков, филологов, а также юристов) прекратилась до 1940 года. В 1940 вновь открылся исторический факультет, в 1941-м он был преобразован в историко-филологический и в таком виде существовал до 1974 года.
