Подрядчик обратился в арбитражный суд с требованием о возмещении убытков, возникших в результате несвоевременной оплаты выполненных работ. По оценке подрядчика убытки строительной компании из-за задержки в получении платежей составили 4 млн. руб. Суд признал правоту ООО «ДСК ИЛАН» и обязал Богучанскую ГЭС выплатить неустойку в размере 1,5 млн. руб.
В настоящий момент идет судебное разбирательство по другим искам, поданным ранее ООО «ДСК ИЛАН» на Богучанскую ГЭС. Также готовятся исковые заявления от других подрядных организаций, задействованных на строительстве станции: ОАО «Трест Гидромонтаж», ЗАО «Регион», ОАО «ОЭК», ОАО «Буреягэсстрой».
Строители обеспокоены отсутствием финансирования проекта, возникшего по причине блокирования решений по осуществлению платежей за выполненные строительно-монтажные работы со стороны ОК РУСАЛ. Представители ОК РУСАЛ не подписывают акты выполненных работ. Эти действия не позволяют обеспечить оплату услуг подрядных организаций и поставщиков стройматериалов в объеме 500 млн. руб. за май 2009 года. Неисполнение обязательств по своевременному и полному финансированию строительства может привести к срыву директивных сроков пуска первых гидроагрегатов в 2010 г, утвержденных на заседании Правительства РФ, прошедшем 9 апреля 2009 года под председательством В.В. Путина.
Финансирование проекта в соответствии с условиями партнерского соглашения осуществляется по принципу «двух ключей»: осуществление платежей по всем работам, связанным со строительством станции, возможно только после принятия соответствующих решений обоими партнерами — РусГидро и РУСАЛ. В настоящее время долг РУСАЛа в рамках выравнивания долей в проекте Богучанской ГЭС составляет 1700 млн. руб.