Основание университету в Томске в составе 4 факультетов (историко-филологического, физико-математического, юридического и медицинского) было положено постановлением Государственного совета Российской империи от 16(28) мая 1878 года. Университет был заложен 26 августа 1880 года и открыт 22 июля 1888 года, с одним факультетом — медицинским (в 1930 году этот факультет был преобразован в Томский медицинский институт), который возглавил А. С. Догель.
Проект зданий Университета был выполнен петербургским академиком архитектуры А. К. Бруни и творчески воплощён томским архитектором П. П. Нарановичем.
Недостаточное финансирование вызвало задержку открытия университета и дало аргументы его противникам. Так, К. П. Победоносцев докладывал императору Александру III: «Мысль об учреждении университета в Сибири (возникшую в период совершенного оскудения и падения наших университетов) я с самого начала называл несчастною и фальшивою; но сначала не хотели меня и слушать, а потом, хотя и соглашались со мной, но возражали: „Что же делать? Правительство зашло уже слишком далеко; им обещано; приняты значительные пожертвования на сумму до 900 т.р.; построен большой дом; все готово; нельзя идти назад“. <…> Каких профессоров достанут в Сибири, когда и для здешних университетов не знают, где достать серьезных и надежных людей, особливо юристов? <…> Общество томское состоит из всякого сброда; можно только представить, как оно воздействует на университет, и как университет на нём отразится».
Первыми профессорами стали Н. А. Гезехус (ректор), Э. А. Леман, С. И. Залесский, С. И. Коржинский, В. Н. Великий, А. М. Зайцев, Н. Ф. Кащенко, Н. М. Малиев, А. С. Догель.
Занятия начались 13 сентября 1888 года лекцией профессора С. И. Коржинского «Что такое жизнь?».
Первый набор — 72 человека, первый выпуск — 31 врач, из них 16 получили дипломы с отличием, состоялся в декабре 1893 года. Среди первых выпускников — известные впоследствии специалисты А. А. Кулябко, П. В. Бутягин, С. М. Тимашев, Л. М. Прасолов, И. М. Левашёв, П. Ф. Ломовицкий, Л. И. Рубинштейн.
В годы Гражданской войны в Томск были эвакуированы и работали в Томском университете многие профессора Пермского и Казанского университетов. В начале 1920-х годов университет получил статус государственного. В 1920 году юридический факультет был реорганизован в факультет общественных наук, к которому в 1921 году был присоединен историко-филологический факультет. В 1922 году факультет общественных наук был закрыт. До 1940 года университет не готовил специалистов в области гуманитарных наук.
В годы Великой Отечественной войны деятельность ТГУ была существенно реформирована.
В октябре 1941 года в здании главного корпуса ТГУ разместился Красногорский оптико-механический завод. Завод быстро наладил производство и выпускал продукцию до лета 1943 года. Только благодаря мужественному поступку сообщества томских учёных, осмелившихся написать письмо Верховному Главнокомандующему с просьбой вывести с территории ТГУ завод и начать возрождение университета, как одного из важнейших институтов любого государства, ТГУ был спасён и возобновил свою научную и образовательную деятельность.
В 1944-1955 гг. ТГУ был одним из ведущих исследовательских центров страны по разработкам новых оборонных систем, был лидером по научному обоснованию глобальных экономических и сельскохозяйственных проектов страны. С 1963 года ТГУ стал одной из сил, создающих будущий (с 1970) томский Академгородок.
В ТГУ учились и работали около 100 членов РАН, РАМН и академий наук других государств, свыше 250 лауреатов Государственной премии, 2 лауреата Нобелевской премии.
16 февраля 2007 года в ТГУ был установлен СКИФ Cyberia — самый мощный суперкомпьютер в странах СНГ и Восточной Европы.
Летом 2013 года ТГУ победил в общенациональном конкурсе вузов за право статуса ведущего университета России (ВИУ).
В 2014 году агентство «Эксперт РА» присвоило университету рейтинговый класс «В» означающий «очень высокий» уровень подготовки выпускников; единственным вузом в СНГ получившим в данном рейтинге класс «А» («исключительно высокий уровень») стал МГУ.
В честь этой даты по городу традиционно пройдет колонна студентов.
Шествие начнется в 19.00 от театра драмы. До 21.00 проспект Ленина будет перекрыт, чтобы дать дорогу колоннам студентов. Всего в этом году в массовом отмечании поучаствует около 13 000 человек.
В 20.30 на площади перед Центром культуры ТГУ начнется праздничный концерт, в котором запланировано выступление группы «Инфинити». В 22.30 начнется десятиминутный фейерверк.
Кроме того, весь день по маршруту №8 будет курсировать украшенный символикой ТГУ троллейбус. Проезд в нем бесплатный, а пассажирам раздадут «счастливые» билеты и сладкие сувениры.
